Dinas Kelautan dan Perikanan Provinsi Kalimantan Utara dipimpin oleh seorang Kepala Dinas dan terdiri dari 3 (tiga) bidang serta 1 (satu) sekretariat. Susunan Organisasi Dinas Kelautan dan Perikanan terdiri dari : a. Kepala; b. Sekretariat; c. Bidang Pengelolaan Ruang Laut; d. Bidang Perikanan Tangkap; e. Bidang Perikanan Budidaya, Penguatan Daya Saing Produk dan Pengawasan Sumberdaya Kelautan dan Perikanan; f. Kelompok Jabatan Fungsional;