Penyusunan RPJMD Provinsi Kalimantan Utara Tahun 2021-2026 dilakukan dengan sinkronisasi, koordinasi dan integrasi dengan perencanaan pembangunan nasional, perencanaan pembangunan kabupaten/kota dan perencanaan pembangunan desa. RPJMD Provinsi Kalimantan Utara 2021-2026 disusun dengan mengacu pada berbagai dokumen perencanaan antara lain Rencana Pembangunan Jangka Panjang Daerah (RPJPD) dan Rencana Tata Ruang Wilayah (RTRW) Provinsi Kalimantan Utara, serta memperhatikan Rencana Pembangunan Jangka Menengah Nasional (RPJMN) 2020-2024, serta berbagai kebijakan nasional lainnya.